Qendra e Doktrinës, si institucion është krijuar në vitin 2001, me krijimin e Komandës së Doktrinës dhe Stërvitjes. Ajo u krijua si Qendër Kërkimore e Shkencore në fushën e doktrinave dhe manualeve, nën vartësinë e Komandantit të Komandës së Doktrinës dhe Stërvitjes. 

Në ristrukturimin e vitit 2007, Qendra e Doktrinave dhe Manualeve kaloi në vartësi të Akademisë së Mbrojtjes “Spiro Moisiu”.

Në ristrukturimin e FARSH, të vitit 2012, në bazë të Dekretit të Presidentit të RSH Nr .7458 datë 11. 05. 2012 “Struktura Organizative e FARSH”, Urdhrit të MM Nr. 365, datë 18. 05. 2012 “Për kalimin në strukturën e re të FA” dhe Urdhrit Nr. 16, datë 01.06.2012 “Për riorganizimin e strukturave të KDS”, prej datë 01. 10. 2012, me emërtimin “Qendra e Doktrinës”, kalon përsëri si institucion studimor, në vartësi të Komandantit të KDS, duke marrë përsipër edhe disa përgjegjësi që më parë i kishte Qendra e Analizave të  Mbrojtjes (QAM), sikurse janë ato në fushën e standardizimit, mësimeve të nxjerra dhe kërkimit e analizës operacionale.

Objekti kryesor i punës së saj,  ka qënë sigurimi i mbështetjes së vazhdueshme të FARSH me doktrina, manuale dhe botime cilësore ushtarake, menaxhimin e fushës së standadizimit në FA, si dhe monitorimin e aktiviteteve dhe stërvitjeve ushtarake brenda dhe jashtë vendit nëpërmjet sistemit të Mësimeve të Nxjerra, në kuadër të përmbushjes me sukses të misionit të tyre kushtetues.